Yugi Muto, um novato na escola da cidade Dominó, ganhou o Enigma do Milênio em peças de seu avô, Solomon Muto. Quando ele consegue resolver o enigma, seu corpo torna-se hospedeiro do espírito de um faraó egípcio de 5000 anos (3000 na versão japonesa). O Faraó sacrificou sua vida e selou sua alma no Enigma do Milênio para impedir o Deus Obscuro, Zorc Necrophades, de destruir o mundo.
Há duas "câmaras" na mente de Yugi. Uma pertence a uma criança inocente, e a outra ao mais velho Yami Yugi do Enigma do Milênio. Quando Yugi precisa de ajuda ou vai começar um jogo, o espírito do Faraó toma conta de seu corpo. As "câmaras" das alma de cada um representa de certo modo o coração, a do Yugi um lugar cheio de jogos infantis e a do Yami Yugi um labirinto cheio de portas e escadas indo para lugares improváveis que representam as dúvidas que ele tem sobre seu passado, do qual ele não se lembra.
Por causa da freqüente interação entre os dois personagens, Yugi refere-se ao Faraó como "Espirito". Yami Yugi. Depois que Yugi e seus amigos descobrem que Yugi é o espírito do Faraó Atem, eles começam a referir-se a ele como "Faraó".
Um pré-adolescente, Yugi tem o coração puro e infantil. Ele mora junto de seu avô na Loja de Jogos Kame. O monstro favorito de Yugi é seu fiel Mago Negro. Seu espírito de duelo é o Kuriboh.
Os melhores amigos de Yugi são Joey Wheeler, Tristan Taylor, Téa Gardner, Rebecca Hawkins, Mai Valentine e Duke Devlin (apenas Joey, Tristan e Téa acompanham Yugi em todas as suas aventuras desde o Reino dos Duelistas).
Yami Yugi (Faraó Atem)
Yami Yugi foi um Faraó há três mil anos (ao vir para o ocidente mudaram para 5 mil anos atrás). Seu pai aprisionou as trevas em sete relíquias. Passado esses 3 mil anos ele é renascido por Yugi, Yami estava selado dentro do enigma do milênio e quando o escolhido voltasse ele renasceria para impedir que o poder que ameaçou o mundo 3 mil anos atrás ameace de novo. No episódio 40 ele disse já ter tido vários nomes: Yami, Yu-Gi-Oh, Faraó; mas ninguém sabia (nem ele mesmo) muito sobre o seu passado e nem mesmo o seu nome verdadeiro. No episódio 219 descobrimos seu nome verdadeiro, Atem (Atemu no original Japonês). Ele e Yugi são melhores amigos, um aprendeu com o outro mas Atem sempre jogava os duelos e Yugi ficava atrás apoiando e até assistindo
Na última temporada (Mundo Memorial), Yugi e seus amigos são transportados para a memória de Yami Yugi, onde descobrem sobre seu passado e que seu verdadeiro nome é Atem. No japão, acham que Yami Yugi é um ancestral de Yugi, já que Yami Yugi é praticamente um clone de Yugi. Atem tem que lutar novamente com Zorc e ganhar, mas tem uma diferença. É Zorc contra Faraó Atem assim como antes e também Atem contra Bakura, esse duelo é a encruzilhada onde passado e futuro se encontram. Se Atem perder o mundo já era. Bakura era o Zorc, Yugi e os outros vão até a tumba do faraó para descobrir seu nome. Quando Atem descobre seu nome recupera a memória e funde os três deuses egípcios e derrota Zorc. Ele da a coroa para Seto pois segundo ele suas memórias não passavam daquele momento e pediu pra Seto, que era seu primo, manter o sonho de seu pai vivo, o egito estar em paz. E quando volta para o presente Atem lê os hieróglifos da tábua onde estava ele e Seto e diz que Seto cumpriu o que ele havia pedido.
Na última temporada também vemos que Atem era protegido pelo pai quando pequeno e era um menino muito doce que se importava muito com a segurança de seus amigos. Descobrimos que ele tinha amigos como Mahado (Mago negro) e Mana (Feiticeira Negra). Logo após derrotar Zorc ficamos sabendo que ele tinha que perder para o Yugi num duelo para poder descansar em paz. Se ele perder descansa em paz, se ganhar prova que Yugi não está pronto para encarar o mundo sozinho e ele ficaria mais 5 mil anos vagando pelo mundo. Durante o duelo Ishizu fala que Atem e Yugi são duas metades de uma mesma alma. Um agressivo e confiante o outro tímido e sem auto-confiança, os dois se completam. Um aprendeu com o outro aquilo que faltava em si mesmo. Todos os duelos que eles já enfrentaram estava preparando eles para esse duelo final.
Atem perde, mas não foi fácil, o duelo estava equilibrado, Atem queria perder, mas isso não queria dizer que ele não dava tudo de si e no golpe final Yugi teve que reunir coragem para ganhar do Atem e então dizer adeus para seu melhor e mais intimo amigo. Quando Atem ia embora uma porta para o além se abriu, se despediu de Yugi, Joey, Tea e Tristan e ele entrou se transformando em Faraó e nós vemos lá dentro todos aqueles que viveram no egito antigo junto com ele, Mana, Mahad, Shada, Karin, Isis, o pai do Atem e outros. Todos choram (com exceção dele) e a história de Yu-gi-oh! termina para começar o GX e Yugi e os outros vivem uma vida normal.
Yu-Gi-Oh! GX
Em Yu-Gi-Oh! GX, Yugi aparece no primeiro episódio, obscuro, com somente metade de sua face mostrada. Ele e Seto Kaiba são "duelistas lendários". Yugi está mais velho, mais alto, e tem uma voz mais forte em todas as versões do anime, e seu cabelo e olhos em seu estado adulto nunca aparecem. O personagem principal de Yu-Gi-Oh! GX, Jaden Yuki, esbarra com ele no caminho da Academia de Duelo. Yugi dá a Jaden o Kuriboh Alado, dizendo que sente que esta carta ficará melhor com ele. Nos episódios 18 e 19 dessa série, o baralho usado por ele faz um tour pelo mundo e começa pela Academia de Duelo.
No último episódio, Yugi, ainda aparecendo obscuramente, manda Jaden de volta ao tempo em que era um adolescente para que ele "resgate o que tinha perdido ao crescer". Durante o clímax do duelo, Atem, o faraó se revela e invoca Slifer, o Deus Egípcio, neste momento, Jaden se lembra do que ele perdeu durante seu crescimento, e é um coração que se diverte nos duelos, Inexplicavelmente, Jaden manda Neos atacar Slifer e o duelo acaba sem mostrar um vencedor, Jaden promete a Yugi que se tornará ainda mais forte e sai em uma jornada, acompanhado da alma do Professor Banner e de seu gato, Pharaoh.
Monstros
- Exodia (mas perdeu-a num combate)
- Dragão Alado Guardião da Fortaleza
- Gaia,o Cavaleiro Feroz
- Rei Caveira
- Castor Guerreiro
- Maldição do Dragão
- Demônio de Chifre
- Mago Negro ou Mahado no Egito, revela ser alguém do Egito, para depois ser reencarnado numa carta de duelo. A Mago Negro pode ser chamado quando Mahado o evoca ou quando assume a forma de Mago Negro na série.
No duelo entre Yugi e Arcana (dominado por Marik), Arcana possui uma versão negra do Mago Negro, mas teve seu Mago Negro virado contra ele quando é resgatado do cemitério por Yugi e ajuda a Feiticeira Negra e o Mago Negro vencendo e Arcana e o duelo. - Mamute Fantasma
- Demônio Selvagem
- Lobo Prateado
- Soldado Gigante de Pedra
- Guerreiro Guardião Celta
- Grifford
- Dragão Koumori
- Feiticeira Negra
- Tartaruga Catapulta
- Kuriboh
Deuses(GOD)
- Slifer, O Dragão dos Céus
- Dragão Alado de Rá
- Obelisco, o Artomentador
Monstros com efeito
- Tartaruga Catapulta
- Kuriboh
- Sábio Negro
- Feiticeira Negra
- horaculun o criador da luz
Monstros de Fusão
- Gaia,o Cavaleiro Feroz + Maldição do Dragão = Gaia,O Matador de Dragões
- Rei Caveira + Dragão Negro de Olhos Vermelhos(Joey) = Dragão Caveira Negro
- Soldado do Lustro Negro + Dragão Supremo de Olhos Azuis(Kaiba) = Cavaleiro Mestre dos Dragões
- Mago Negro + Buster Blade = Paladino Negro
- Mago Negro + Guerreiro da espada de chama dourada (Joey) = Cavaleiro da Chama Negra
Monstros de Ritual
- Soldado do Lustro Negro
- Mago do Caos das Trevas
Cartas Mágicas
- Espadas da Luz Reveladora
- Chifre Mágico do Unicórnio
- Recuperação de Monstros
- Terra em Chamas
- Polimerização
- Brumas Mágicas de Makio
- Lua Cheia
- Livro das Ciências Ocultas
- Monstro que Renasce
- Caixa Mística
- Reposição de Monstro
- Multiplicação
- Flecha Viva
- Controle Cerebral
- Libertação de Alma
- Buraco Negro
- Ritual do Lustro Negro
- Ritual do Caos Negro
- Monstro que Retorna
Cartas Armadilha
- Força Espelho
- Círculo de Magia
- Trombeta Celestial
- Olho Mágico da Verdade
- Cilindro Magico
- Trap Hole
- morte istantanea
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